Do najważniejszych, zrealizowanych już projektów Instytutu Myśli Józefa Tischnera należą:
stały projekt Archiwum Józefa Tischnera prowadzony od roku 2004
współorganizacja Dni Tischnerowskich w Krakowie w latach 2004-2012 (2011 r. główny organizator Dni Tischnerowskich)
organizacja Międzynarodowego Kongresu Tischnerowskiego w Krakowie w 2011 r.
współorganizacja Międzynarodowej Konferencji w Dreźnie (2009) Europa und seine Anderen – Emmanuel Lévinas– Edith Stein – Józef Tischner
współorganizacja Międzynarodowej Konferencji w Berlinie (2011 r.) Guardini – Tischner. Drama der Verantwortung
organizacja od roku 2005 cyklicznych seminariów, wykładów i konferencji dla nauczycieli w ramach stałej współpracy ze Stowarzyszeniem „Drogami Tischnera”, zrzeszającego 42 szkoły, których Patronem jest Józef Tischner
seria wydawnicza „Dzieł zebranych Józefa Tischnera” w oparciu o materiały zbierane
i opracowane w Archiwum (ukazały się 3 tomy)
seria wydawnicza „Drogi myślenia” (obejmująca aktualnie 9 pozycji)
publikacja trzech numerów angielskojęzycznego pisma Thinking in Values
cykl wykładów „ Tischner i inni” (kilkanaście wykładów wygłoszonych przez najwybitniejszych polskich specjalistów filozofii)
projekty edukacyjne pt. „Ewangelia i Ekonomia”, współfinansowane przez NBP, a skierowane do ludzi związanych z instytucjami Kościoła, których celem było zapoznanie ich uczestników – teoretyczne i praktyczne – z aktualnym systemem prawnym, podatkowym i finansowym obowiązującym w Polsce. Szkolenia zrealizowano w dziesięciu diecezjach południowej Polski (rzeszowskiej, katowickiej, gliwickiej, kieleckiej, radomskiej, częstochowskiej, zamojsko–lubaczowskiej, opolskiej, wrocławskiej, nowosądecko-przemyskiej)
cykle wykładów "Poniedziałki z Tischnerem" oraz spotkań "Czwartki z poezją nie tylko religijną"